我与西湖#
也许多少年后在某个地方， 我将轻声叹息把往事回顾， 一片树林里分出两条路， 而我选了人迹更少的一条， 从此决定了我一生的道路。
今年暑假的时候，很幸运的拿到了西湖大学的实习，因此有机会来到西湖大学，做了为期两个月的实习，在实际去西湖大学之前，我对西湖大学的感觉是神秘的，西湖大学的名气很大，一方面是因为它的「小而精的新型研究型大学」的定位，我身边几乎没有任何去西湖的学长或者朋友；另一方面，大家都知道西湖大学的设施很好，出的成果很多，但是为什么能出这么多成果，以及设施好到什么程度，这些并没有人做很详细的叙述
六月底的时候，我记得很清楚是一个下午，当时我从紫竹桥的KFC吃完饭，走在天桥的时候刷到一则公众号，是施一公在清华大学经济管理学院2026年毕业典礼的演讲1，其中有这样的话吸引了我：
想象一下：2002年夏季，刚刚晋级终身正教授的我，驾驶着自己1993年做博士生期间花了6800美元购买的Toyota Tercel，四缸，1.3升，油门踩到底，在新泽西I-95高速公路上飘过加长豪华车，心里充满了此时看来挺幼稚、但当年挺乐呵的骄傲：钱，我比你少；但科学，我来教你！世界，我来了！
西湖，我来了！
整个七月我都在实验室里面和我自己的课题做斗争，课题并没有很多很实质的进展，经常是因为数据集泄露的问题不断重头再来，带我的师兄对我很好，我们俩有好几次Debug到凌晨两三点，期间我有很多次想要放弃，当时师兄和我说，如果这个课题很简单的话，那么全世界应该早就有人解决了，还轮不到我们，而且我当时没有跑路还有个原因，就是这个师兄对我太好了，要是直接跑路的话我真觉得对不起他
八月份的时候，当时西湖有一个小活动，叫做「西湖大学结构生物学 Technical Forum」，主讲人是施一公老师，访问学生也能报名参加，我们自己实验室这几天在云谷办 AIVC Meeting，因为每天要起很早，但如果可以参加这个 Technical Forum，我就可以不去自己实验室的这个会议，可以不要干活+起的稍微晚一点，所以果断报名
结构生物学 Technical Forum 据说是保留节目，好像是每年都会办，主要会讲一些关于关于怎么提纯蛋白，怎么选择合适的层析柱，怎么做分子克隆等等
其中的很多技术细节我已经记不清了，我就记得当时施老师给我们分享，要如何去选择一个有价值的课题，以解结构为例，如果说一个蛋白亚家族的结构都已经被解的差不多了，再解一个类似的，是否真的有价值，我觉得这是涉及科学品味的选择，在时间、设备和人员等因素的限制下，我们要如何去选择更有价值的科学问题去回答，在 Forum 上我也很幸运的问了施老师很多关于蛋白质结构的问题
晚上散会结束的时候，回到实验室工位，和师兄聊起未来想做的一些东西，我一直很不确定自己未来想要做什么，在生科大一的暑假拿了「开源之夏」的项目，做了很火的 Agent 开发；大二的时候又进了课题组，做了很多高通量还有生物信息学数据库的搭建，我一直没有找到自己的位置，好像自己是一块砖，哪里需要就往哪里放
大一的时候我最喜欢的一门课叫做「生物进化学（演化学）」，当时喜欢的原因是觉得进化学很优雅，用很系统的角度介绍了物种的形成，基因的变异，从某种程度上回答了「我们从哪里来，要到哪里去的问题」
也许有人说，演化学对我研究生物学的关系大吗？我个人觉得还是挺大的，越来越多的领域开始使用演化学的数据来解决一些实际问题，比如就说结构生物学里面的著名工具 AlphaFold 吧，本质上就是从大量同源序列里榨取共进化信息
大二的时候当时搭建了一个 Pipeline，这个 Pipeline 的功能是，先使用本地部署的 ColabFold 对蛋白质的结构进行预测，拿到蛋白质结构，在配体库中筛选具有结合能潜力的小分子，本质上就是做分子对接，然后拿结合能，在西湖的时候我一直在关注这个课题，并且发现了其中潜在的几个问题：
- 当时的蛋白序列都是来自于一个亚家族的，既然 ColabFold 对蛋白质的建模需要借助于共演化的数据，那么模型能区分同一亚家族的蛋白结构吗？尤其是我们关心的活性口袋；
- 当时的蛋白口袋存在柔性的侧链，我非常担心的是对接过程中产生的诱导契合现象，但是诱导契合真的对结合能有非常大的影响吗？在亿级对接的情况下，关心这个有意义吗？
我隐隐约约觉得自己对结构生物学感兴趣，也并不是和施老师一样想解一个蛋白质结构，更多的是想了解这个结构的功能，了解它是怎么运动，怎么和其他的物质发生相互作用，我们能不能在计算机里面对蛋白质的功能进行模拟和测试呢？我觉得自己不迷茫了，或者是至少有一个相对比较明确的兴趣点
西湖给了我一个比较完整的时间，让我真正感受到真实的科研是什么样子的，在学校的科研经常是和课业是矛盾的，经常会出现上课的时候还在改代码，翘课去实验室做实验等等，但是在西湖只需要关心的一件事情就是做科研，可以心无旁鹭的做科研，可以针对一个问题讨论来讨论去，可以为科学吵架，又可以在饭点约着吃饭，而且我和师兄的位置做的很近，我俩背靠背隔着一条小走廊，我有任何的问题，可以直接把我的小椅子搬过去，就可以和他讨论
西湖给了我一种感受，我越来越觉得自己是一条小猫，我之前一直觉得自己是一个很独立的人，可以为自己的课题负责，可以一个人解决很多事情，可以不要别人的帮助，我之前也很害怕提出让别人觉得愚蠢的问题，被嫌弃，师兄真的很好的接纳了我，为我很多小的尝试和不成熟的想法兜底，也让我明白了自己需要在一个相对比较强的课题组才能成长，回到学校后，目前做的一些课题也会找师兄讨论，他也会认真倾听，给出一些非常有价值的建议
在西湖的另一种体会，是我认识了三小只
学校的老师对我的评价是心理的早熟，导致我在学校其实没有很多同龄的朋友，每当我尝试去向年龄比我大的师兄师姐求助时，他们往往不能了解到我当前究竟遇到什么问题，到底要怎么解决，或者是鼓励式的夸夸
三小只是我从西湖得到的，最珍贵的礼物，我第一次觉得能和大家共频，愿意把自己感兴趣的东西分享出来，我之前真的觉得自己做的东西别人会不感兴趣，总觉得自己的热爱是小众的，自己的困惑是不合时宜的，但是在四小只的聚会里，我非常想和大家分享，也想听大家有意思的经历，也因为我们是同龄人的缘故，我突然觉得自己的一些烦恼好像是大家的共性，就像我们躺在云栖小镇草坪上意外落进鞋里面的草，把鞋脱掉，然后光着脚放肆跑
我以前一直很不理解，为什么番剧里面的离别总是在故事发展的高潮之后！就像Lisa在她博客里面写到「每一段旅程从发生起就伴有它独特的意义」，我觉得高潮和离别也是有自己使命的，高潮是为了让我们记住彼此此刻的美好，离别是为了让我们带着这份美好，继续努力的奋斗下去，期待下一次的见面，想到这里我也不焦虑分离了，也许就是一张机票的事情
在西湖的夏夜，我学会了怎么看「夏季大三角」，五月份的时候是我最郁闷的时候，当时我觉得学校的课题做不下去了，就提出说放弃论文，获得休息，当时我和黄老师说，黄老师和我说，要多出去跑跑，要见贵人，要奇遇，现在想想就是如此，和一树之前写的博客一样，要见更多的人，吹更多的风
七夕节那天，我们一起去爬了云栖旁边的小山，我很怕走没有一点光的夜路，但和大家一起走却觉得饶有趣味，我第一次看到的夜晚的云栖小镇
写到这里情不自禁的哼起了《情歌》的调子，愿君多采撷，此物最相思