About • JuniorTree

自我介绍

你好，我是刘一树，来自首都师范大学生命科学学院，目前就读专业为生物科学（非师范），本科生，我对生物学和计算机科学充满兴趣，并想办法把两者结合起来，做一些有意思的事情纯手打的，Kimi老师说我这段太平铺直叙了？？？

我目前在做一些转录组和蛋白组的分析以及分子动力学（MD）的工作，主要使用一些公开的开源工具和算法包，在实验室主要聚焦蛋白互作（PPI）的相关模拟与位点筛选，未来希望在分子动力学模拟或计算机辅助药物设计（Drug Discovery）方向继续深入，如果有老师或业界大佬对我的工作感兴趣，求捞捞！

幸会！Soyo厨为什么要演奏春日影！

教育经历

2024年9月 - 至今 首都师范大学生命科学学院生物科学
2023年9月 - 2024年6月 首都师范大学物理系光电信息科学与工程

实验室经历

首都师范大学遗传与进化多样性实验室

时间：2025年9月 - 2026年6月

高通量分子对接、数据库

西湖大学郭天南实验室

时间：2026年7月 - 2026年8月

以暑期研习的方式加入到郭天南实验室，参与 Agent 开发与蛋白质组学的相关工作，主要解决的是质谱仪维修的相关问题，我们希望能通过谱图的 pattern，反映出质谱仪的相关状况，如果是在大队列质谱分析中，我们可以持续监控质谱仪的情况，并且为操作员提供一些维修建议，我主要参与其中的 Agent 部分，即知道其中的谱图存在异常，要如何告知操作员问题在哪里，要采取什么样的修复动作

实验室个人主页：Yishu Liu | Guomics

首都师范大学泛素生物学实验室

时间：2026年9月 - 至今

参与了蛋白质翻译后修饰的相关的工作，主要承担动力学模拟和蛋白互作的计算分析，并进行蛋白质互作的湿实验学习和训练，我们实验室目前主要研究一类转录因子 Nanog，通过研究它和其他蛋白的相互作用（PPI），希望能解决一些低分化癌症的相关问题

项目经历

2025 - 中国科学院软件所开源之夏

时间：2025年6月 - 2025年10月

作为核心开发者参与到小X宝社区的建设和开发当中，我们帮助癌症病人和家属构建了一系列的工具，包括并发症管理、文献查询MCP、指南查询等等功能。对于医疗/AI/Agent 感兴趣的同学欢迎和我联系，也欢迎通过 GitHub 来了解我们社区和现在在做的一些工作

2025 - SmartDock

时间：2025年9月 - 2026年2月

SmartDock 是一个基于 Nextflow 和 Uni-Dock 的分子对接项目，搭建了一套高通量的蛋白结构预测（基于 ColabFold）与分子对接 Pipeline，完成了 7000 多个蛋白质从肽链到结构的预测，并进一步支持了亿级小分子次生代谢物与蛋白质之间的对接任务

2026 - iLepBase

时间：2026年1月 - 2026年5月

鳞翅目昆虫数据库项目，主要参与前后端的搭建，前期参与了鳞翅目数据的清洗和整理，后端架构基于 Go Fiber，欢迎关注开源的一些工具：iLepBase | GitHub，目前数据库已经上线，欢迎通过：iLepBase | 网站体验和访问

开源项目

PubMed MCP Server

为 LLM Agent 提供结构化 PubMed 文献数据的 MCP 服务器，2026 CCF ODTC 开源激励计划C类获奖作品，目前在魔搭社区已经有 400 万次调用，欢迎使用：PubMed 文献抓取 | ModelScope

爱好

摄影
Vibe Coding
对科幻、策略和废萌充满兴趣
大自然

联系方式

电子邮件：yishu.liu@cnu.edu.cn、liueic@ciallo.cv
GitHub：liueic (Liueic)

关于博客

Framework & Theme: Astro + Astro Theme Pure
网站托管在：腾讯云 EdgeOne Pages
CI/CD: EdgeOne Pages + GitHub Action
Comment system: Waline
Visits: EdgeOne KV
Other statistics: stats.ciallo.cv

版权

本站中的所有原创内容及设计整体，除非特别说明，均使用 CC BY-NC-SA 4.0协议进行授权。这意味着您可以在协议允许的范围内自由地分享、复制本作品的内容及基于本作品内容进行创作，但必须注明原作者和链接，并且不得用于任何商业目的。